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普通自動膠囊填充機的主電機和機械傳動部分安裝在臺面下，由不銹鋼護罩保護。桌面由進口不銹鋼拉絲板覆蓋，計量灌裝部分即物料生產操作區部分安裝在桌面上部，由可開啟的鋼化玻璃門蓋密封。為了加強設備的密封性，密閉膠囊機設計為兩體結構。在生產區，即工作臺上方的框架和屏蔽被設計成隔離器，框架工作臺的掩膜被拋光，表面粗糙度不大于Ra0.5；四面鋼化玻璃窗與邊框充氣密封，安裝干擾生產的硅膠手套；所有活動軸套和軸采用優質密封圈，可有效防止臺面灰塵進入底部傳動區域。
除了膠囊填充機主機的密閉設計外，與膠囊填充機相連的輔助機器，如膠囊拋光機、金屬探測儀等也需要有同樣的密閉性能。例如，CIEA金屬探測器有相應的OEL封閉級模型。
膠囊填充機廠家認為為了防止頻繁取樣造成的污染，密閉膠囊機盡量配備具有灌裝量在線檢測功能或至少具有在線取樣和檢測功能的檢測設備。人工采樣應裝袋進行，避免粉塵泄漏。比如有的封閉式金相檢驗機有單獨的取樣口設計，而不是在拋光機前設置單獨的取樣裝置。
膠囊填充機廠家認為一般與膠囊機主機相連的給料裝置采用同密封等級的 閥等分體蝶閥，以保證給料過程中或給料后料斗分離時不漏塵。根據風險評估， 閥不能再用于連接金屬檢測機和隨后接收合格膠囊的容器。
膠囊填充機廠家認為膠囊機在生產后清洗設備時，容易造成粉塵泄漏，因此在線清洗是保證密閉生產的主要措施之一。封閉式膠囊填充機需要專門配備在線清洗功能。生產結束后，只需密封個別除塵管口，轉移剩余的藥粉、膠囊殼等物料，即可啟動設備的在線清洗功能。設備內部的大部分區域可以通過安裝在生產操作區的清洗噴嘴進行在線清洗，清洗水可以通過工作臺上的專用排水口排出。還可以在操作區內部安裝水槍，用手持水槍對難以清洗的部位進行沖洗，更大限度減少灰塵殘留。
膠囊填充機廠家認為在清洗完膠囊機后，需要在線清洗和潤濕膠囊拋光機、金屬探測器和連接管道，清洗水排入專用管道。閉式給料分體蝶閥采用專用清洗杯，連接管可以清洗閥門內部。所有的清洗操作都可能達不到的清洗效果，所以需要人工清洗，直到達到清洗標準。
